Teniendo en cuenta que a la Sala Especial de Instrucción le corresponde investigar y acusar a los miembros del Congreso ante la Sala Especial de Primera Instancia de la Corte Suprema de Justicia, por los presuntos delitos cometidos, la labor desarrollada por esta Secretaría busca garantizar la pronta y debida administración de Justicia, de manera precisa y eficiente, con apego a los fundamentos legales y constitucionales.

La Secretaría es responsable de atender al usuario externo, los aforados investigados, sus defensores y demás usuarios, respetando sus derechos y deberes. Se encarga de la recepción de denuncias, su reparto, el trámite de memoriales, peticiones, comunicaciones y notificaciones, la conservación de documentos, o el acceso a los expedientes.

Esta dependencia también tiene la responsabilidad de comunicar y notificar oportunamente las decisiones adoptadas por los despachos o por la Sala; informar oportunamente las fechas de vencimiento de términos; revisar, verificar, realizar y autorizar con su firma providencias, oficios, citaciones y demás comunicaciones. Además, tiene el deber de llevar actualizada la programación de audiencias y diligencias en los procesos de cada uno de los magistrados.

Cumple la labor de citar a los magistrados a reuniones ordinarias y extraordinarias, proyectando bajo la dirección inmediata del presidente de la Sala-, el correspondiente orden del día.

Respetando la reserva, la Secretaría también responde los derechos de petición y las consultas que se dirigen a la Sala Especial de Instrucción, entre otras funciones.