La Secretaría de la Sala Especial de Primera Instancia de la Corte Suprema de Justicia se encarga de la atención de los apoderados de los procesados, de las víctimas, de la parte civil, representantes y funcionarios del Ministerio Público, Fiscales Delegados y empleados de la Fiscalía General de la Nación, así como del público en general.

Una de las funciones principales de la Secretaría es la de coordinar la asistencia a las audiencias de juzgamiento o juicio oral, de los sujetos procesales y las partes intervinientes, con el fin de garantizar su realización.

La Secretaría también tiene la responsabilidad de revisar, verificar, realizar y autorizar con la firma del Secretario las providencias, oficios, comunicaciones, despachos comisorios, citaciones, edictos, estados, traslados, avisos, certificados, constancias, entre otras comunicaciones u órdenes judiciales.

También le corresponde comunicar y/o notificar de forma oportuna las decisiones que toman la Sala de Primera Instancia o sus magistrados, así como contabilizar los términos de los procesos y dejar las constancias del caso.

Además, se encarga de recibir y revisar los procesos que llegan para reparto, y los documentos que son radicados para ser anexados en los expedientes, tales como pruebas incorporadas en el juicio oral, peticiones, informes de policía judicial, recursos, solicitudes probatorias, respuestas, peritajes, entre otras.