La Sala Especial de Instrucción de la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia fue creada con el Acto Legislativo 01 del 2018, que le designó la función de investigar a los congresistas, por la comisión de todos los delitos que se les imputen; y a los excongresistas, por los delitos relacionados con sus funciones parlamentarias. En caso de que la investigación arroje la probable comisión de delitos, la Sala tiene el deber de acusar a los congresistas y excongresistas involucrados ante la Sala Especial de Primera Instancia.

Esta sala especial existe para garantizar el fuero constitucional de los congresistas y la separación de las ramas del poder público, en la medida en que, según la Constitución Política, aquéllos sólo pueden ser investigados y acusados por la Corte Suprema de Justicia y no por la Fiscalía General de la Nación.

La Sala Especial de Instrucción está integrada por seis magistrados, que se encargan de la investigación previa, de la instrucción y, si hay mérito suficiente, de la acusación. Eventualmente, en el trámite de delitos querellables, los magistrados también tienen autoridad para actuar como conciliadores.

Los procesos sobre los que la Sala tiene competencia se adelantan bajo los lineamientos de la Ley 600 del 2000, de conformidad con la cual los funcionarios encargados de la instrucción tienen poderes jurisdiccionales que les permiten, entre otras cosas, practicar pruebas y tomar medidas que afecten derechos fundamentales. Además, la Sala Especial de Instrucción tiene una sola instancia y sus decisiones son inapelables.

Los magistrados de esta Sala Especial no conocen sobre asuntos administrativos o electorales de la Corte Suprema de Justicia ni hacen parte de su Sala Plena.